В школу велено было принимать детей дворянских, дьячих, подьячих, из домов дворянских и других чинов от 11 до 23 лет.

В Навигацкой школе были дети почти всех знатных фамилий: Волконские, Сонцовы-Засекины, Лопухины, Шаховские, Хилковы, Урусовы, Долгорукие, Прозоровские, Хованские, Шереметьевы, Борятинские, Собакины, Щербатовы, Головины, Дмитриевы-Мамоновы и пр.
    с 1 августа по 28 сентября 1701 года набрано 180 человек;
    к 19 ноября 1701 года набрано 250 человек;
    к 1 апреля 1704 года — 300 человек;
    в 1706 году  — 129 человек;
    в августе 1710 года — 52 человека;
    в сентябре 1710 года — 76 человек.
Срок обучения не был определён, но среднее время обучения (включая практику в действующей армии, лабораториях, пороховых и пушечных заводах «на выучку литейного дела» и различных мастерских в стране и за рубежом «для учения в тамошних местах инженерной и иным немецким наукам») составлял 10 — 15 лет. Причём каждый ученик «твердил» свою науку не ожидая других. Школьники, которые в науках «оказались плохи», определялись в столяры, токари, паяльщики, стрельцы, матросы, солдаты и в другие приказы. Так, ученик П. Федоров был выпущен из школы канониром, «понеже грамота ему в ученье не далась»; ученику К. Дружинину «учинен трактамент против неученых сержантов».